Si te sirve de algo...
Yo creo que tu hijo ve a ese niño como algo superior, y en el fondo quiere ganarse su admiración y respeto, por eso va el pobre y le pide perdón, también por miedo de que el otro siga enfadado con él y le vuelva a pegar otra vez. Igual él piensa que es la mejor manera de hacerlo. Y el otro quizá sea un pequeño chantajista y le da la vuelta a la tortilla haciéndole creer a tu hijo cosas que no son. Y además ese tipo de niños (el que pega a tu hijo) puede llegar a crear una especie de dependencia con respecto a los demás niños, aunque abuse de ellos y los trate mal, los otros vuelven a acudir a él.
No sé sólo decirte que intentes hablar con él, y pregúntale por qué lo ha hecho, si tu hijo cree que el otro se merece el perdón, deja que te explique... a ver si el pobre le tiene mucho miedo o qué. Lo que no hagas nunca es chillarle o reprenderle por algo que el muchacho está aprendieno, y no sabe muy bien qué hacer. En esos casos se les trata con cariño y se les pregunta por qué lo han hecho. No le culpes, que él no sienta que le juzgas, simplemente guíale y aconséjale.