"separación" sin acuerdo con hijos

No entiendo qué quieres decir con que él no quiere
¿Qué te impide salir por la puerta e ir a donde te parezca más oportuno? Luego interpones una demanda de medidas para hijos no matrimoniales y santas pascuas.

Eres una adulta mayor de edad y como no hay ningún papel que diga que tu hija tiene que estar en tal o cual sitio, eres completamente libre de irte con ella a donde quieras (y él también lo es). Acude al centro de atención a la mujer de tu localidad o comunidad autónoma para que te expliquen cómo pedir un abogado de oficio si no tienes medios; y si los tienes, directamente contrata uno y que redacte el convenio.

Tu hija tiene derecho a alimentos por parte de sus padres; y hay que regular la custodia, si es de mutuo acuerdo será todo mucho más fácil.

No es tan sencillo
El problema que veo es que no puedo coger a mi hija y largarme. En primer lugar porque podría alegar abandono del hogar o "rapto" de la niña, y en segundo porque estoy asumiendo la mayor parte de los gastos de la casa. Y porque no puedo privar a mi hija de su padre.

No lo veo tan claro pero gracias
Yo no sé cómo reaccionaría si él se fuera de casa con la niña sin mi permiso... Lo de los gastos lo comentaba porque no puedo irme de casa ya que lo tengo todo invertido en ella

Reaccionaría llamándote para que volvieras, claro
Pero no estarías cometiendo ningún delito.
Y si no puedes irte de casa ¿cómo vas a hacerlo, ya que quieres separarte?